Fundada em 11 de agosto de 1900, a Ponte Preta é o segundo clube mais antigo do Brasil. O surgimento está diretamente ligado ao crescimento da cidade de Campinas. Em 1870, foram iniciadas as obras para a construção da ferrovia paulista, indo de Jundiaí a Campinas. A instalação dos trilhos requisitava a construção de uma ponte. A ponte era de madeira e para melhor conservação, tratada com piche. Assim, enegrecida, surgiu a Ponte Preta. A partir daí, a região em torno da ponte virou o Bairro da Ponte Preta, em 1872.

A Associação Atlética Ponte Preta surgiu em 1900, graças a vários alunos do colégio Culto à Ciência, que praticavam futebol no bairro da Ponte Preta, sendo, portanto o time mais antigo do estado. Hoje, no lugar do primeiro campo localiza-se a Igreja de Santo Antônio. O atual campo é o estádio Moisés Lucarelli.

Após sua fundação, a Ponte Preta viveu uma de suas melhores épocas. Conseguiu o acesso à elite do futebol paulista, sendo vice-campeã da Segunda Divisão da competição em 1951. Foi rebaixada em 1960, mas retornou em 1969, conseguindo ser Campeã da Divisão Especial. A equipe de Campinas também foi vice-campeã Paulista em 1929, 1970, 1977, 1979, 1981 e 2008 e chegou às semifinais do Campeonato Brasileiro de 1981 e da Copa do Brasil, em 2001.

Em 2009, depois de terminar o Campeonato Paulista na nona colocação, com 24 pontos, a Ponte Preta conquistou o título do Troféu Campeão do Interior, ao vencer o Barueri (atual Grêmio Prudente) na final da competição. Na primeira partida, no estádio Moisés Lucarelli, em Campinas, a Ponte Preta venceu pelo placar de 2 a 0. No jogo de volta, na Arena Barueri, houve empate por 1 a 1.

Com a 10ª posição no Paulistão de 2010, o time brigou pelo bicampeonato do Troféu do Interior. Entretanto, dois empates com o Botafogo (0 a 0 no Moisés Lucarelli e 2 a 2 no Santa Cruz) eliminaram a equipe, pois a campanha do clube de Ribeirão Preto na primeira fase do estadual foi melhor.

Com o novo sistema de disputa do Campeonato Paulista de 2011, a Ponte Preta conseguiu sua vaga para as quartas-de-final da competição ao se classificar na 5ª colocação. Porém, enfrentou o Santos e, em jogo único, foi eliminada do torneio.

Dentre os inúmeros craques que vestiram a camisa da Ponte Preta, destacam-se:

Dicá - meio-campista talentoso e exímio cobrador de faltas, considerado o melhor jogador da Ponte de todos os tempos.

Carlos - goleiro do Brasil nas Copas do Mundo de 1978, 82 e 86.

Oscar - zagueiro do Brasil nas Copas de 1978, 82 e 86.

Polozzi - zagueiro do Brasil na Copa de 78.

Waldir Perez - goleiro do Brasil nas Copas do Mundo de 1974, 78 e 82.

Washington - centroavante do Brasil na Copa das Confederações de 2001, artilheiro do Campeonato Paulista de 2001, Copa do Brasil de 2001 e, também, do Campeonato Brasileiro de 2004 (o maior artilheiro em uma só edição do torneio). Em 2009, o jogador, que atuou pelo Fluminense (RJ), foi novamente o artilheiro do Brasil, ao lado de Keirrison e Kléber Pereira.

Luís Fabiano - atacante do Brasil na Copa das Confederações de 2009, quando conquistou o título da competição e também foi o artilheiro do torneio com 5 gols. Disputou a Copa do Mundo de 2010, na África do Sul, e foi o goleador máximo da Seleção Brasileira na competição, com 3 gols.